rindai87@ハチロク世代

2008-04-01

エイプリルフールだから卒研発表についてレポするよ!

22:47

ようやく大阪に帰ってきて少し落ち着いたのでざっと振り返る。

発表本編

22:47

Hash

disの表記方法でyuyarinからdisられるなどする。

rindai87

馬鹿だなこいつ。大阪から何しに来てんだYO。

Misho

体の半分くらいがダークマターで出来ている。

sotarok

交通事故シミュレータの開発。

音符の人

「ただのイケメン」。いやマジでイケメンですから。

黒猫さん

2008-03-30 - hogelogの日記 - ハチロク世代

DB Magazineはファッション紙

DBマガジンというファッション雑誌を講読している。

ryo_grid

Windows殺しに人生をかける男。

何が彼をそこまで駆り立てるのか?

MSから命を狙われているのでGoogleに駆け込んだらしい。

ryo_grid@UZOMUZOを宜しくさんのツイート: "大学院進学というのは真っ赤な嘘で、実はGoogleに内定が決まっていました。みんな騙しててごめんね。来年からはMap Reduceの最適化をする予定です。オフィスはとりあえず東京なので是非遊びに来て下さいね♪"

syou6162

dankogai=アルファブロガー(笑)という統計的性質を利用すればアクセス数が伸びるらしい。

第2回お食事会

22:47

最初は微妙にぎこちなかったが、アルコールが入ったとたんカオス状態に。

Hash

hogelogと魚民店員の罠にかかり自己紹介の再起呼び出しなどをし始める。

hogelog&ぷーたろー

sotarokによるPHPer談義を熱心に聞き、自己紹介でPHPerであると言い張る。

黒猫

yuyarinの耳をフニフニしだす。

yuyarin

それに満足し寝る。

ryo_grid

Windowsを2度ほど殺す。

それに群がるハチロク

中学生

みしょのかきおき - ハチロク世代

中学生が無停電電源装置を持っているのは反則だと思います。

そして

中学生がThinkPadを開きながらコンパイラとかSchemeについて語るのはどうかと思います><


あ、お食事会の方は真実を書いてしまった…

という訳で

22:52

幹事のHash、会場を手配してくれたyuyarin、即興でナイスなお食事会を開いてくれたmisho、素晴らしくレベルの高い発表を見せてくれた発表者の方々、しょぼくれた研究ながらちゃんと聞いてくれて質問もしてくれた聴衆の方々。

大阪から知り合いもいないのに出て行ってどうなることかと思ったけど、どうとでもなりましたね。

ハチロクの面々さいこー!

また、いつか会いましょう。

2008-03-14

出陣

23:42

卒研イベント開催がとうとう確定したようで。

場所の確保をしてくれたyuyarinに多謝ですな。

yuyarin、ありがとう!


で、大阪からわざわざ東京に行くので、一発表者だけとして参加するだけではもったいないような気がしたので、進行役T_Hashの補佐係に立候補→採用となりました。

ここまではテンションの上がり具合に任せて勢いで決めたけど…


よくよく考えると、今回集まる人達って前回お食事会で知り合いじゃね?、東大つくばばっかじゃね?、俺すんげぇアウェイじゃね?とか考えてきて、もうたまらんorz

でもせっかくの機会やし、関東の同世代で頑張っている人たちと知り合いになれたらなぁ、と思って意を決して出陣します!!

ちょっと人見知りで、でも人なつっこい関西人なんで、絡んでやってくださいね。


後、問題はdisアタックか…

syou6162syou61622008/03/15 00:47つくば多いけど、つくばの中でリアルで会ったことある人いないからおんなじだよ><大丈夫!

HashHash2008/03/15 08:44補佐thx>< まぁ、僕も発表者で面識あるのはMishoとsyou6162だけだしw
うち解けたもん勝ちということで

2008-03-10

サーバー管理者とか

17:32

しんど。

そして初仕事がVPNて…

いきなりすか

2008-03-04

あるバイオインフォマティシャンの苦悩

00:18

バイオインフォマティクスと言えば聞こえはよろしいが、実態はなかなか悲惨なんすよ。


ちまたにあふれるバイオインフォマティシャンは、ほとんが本業が生物屋さん。

僕は本業が情報のバイオインフォマティシャン。

情報系のBIさんは、自分で言うのもなんやけど、けっこうレアなわけだ。

で、ここで問題なのは、学んでいくルートのようなものが確立されていないこと。

ちまたにあふれる書籍も、自分で確かめた限りほぼ全てが生物系のBIさん向けのもの。

たまにある情報系のものでも、かなり生物の知識が要求されているように感じる。


以上が世間一般のBI事情。

この時点ですでに情報系BIさんはかなり出発で苦しむ分けですが…

続いて、大学及び研究室での現状。


今のところ我が大学では情報系のBIさんは僕一人。

なぜって?

立ち上げの研究だから。

そう、指導教官すらいない、と。

ヤバスですね~。

先生に質問できないわけですよ。


あ、忘れてた。

大学にはもう一人の情報系BIがいます。

マレーシアからの留学生orz

東南アジアでは情報系のBIが割りと盛んらしいよ。


で、最初研究をどうすればいいか分からなかったので、とりあえずその人の研究を追ったわけです。

それが発現量データとGASVMとNew-GASVM。

後で分かったことながら、この組み合わせは非常に難解。

発現量データは、高次元でサンプル数が少ない「次元の呪い」のデータなのだ。

さらに自分の英語の拙さを差っぴいても、どうもアルゴリズムむずし、何回留学生に聞いても分からんとか思ってたら、留学生マレーシア工科大学で教鞭を振るってたらしい。

初心者向けの研究じゃねぇorz


けど、何とかがんばって先週の卒研発表には臨めたわけですよ。

ただし、結果は散々だった。

恐らく発表内容を誰にも理解してもらえずorz

的外れな質問乱発+わけのわからんダメだしを食らったわけですよ。

たまらん><


たぶん生物側で発表しても、裏づけがない、とか言って袋叩きにあうんだろうなぁ…


終わったことはいいとして修論が今から心配だ。


あと、学会のセクションにそれらしいのがないので、「その他」っぽいセクションにねじ込まれるという迫害も受ける。

結論:情報系のBIは情報側からも生物側からも迫害を受けている!解放運動が必要だ!


ふぅ~、今年一年の不満を吐き出してしまったぜ。

へたれ具合がばれませんように><

20:23

と、祈る。

Mishoのラブコールに答えるべくのエントリ。

学会投稿用のAbstractを晒していいのか、という若干の疑問も抱きつつ、晒す。

学会がなんぼのもんじゃい。ハチロクじゃい。<-意味不明


それはさておき

Abstract

Gene expression data is expected to significantly aid in the development of efficient cancer diagnosis and classification platforms. Previous works introduce two algorithms of hybrid Genetic Algorithm and Support Vector Machine(GASVM) and extended-GASVM(New-GASVM) for gene selection and classification tasks. These algorithms shows very high accuracy of the benchmark datasets, but these algorithms use only one criteria -accuracy of SVM. So we paid attention to the range of gene expression data. We propose a new way of analysis using SOM(Self-Organaized Map) for gene expression data. It both prove right of criteria in the previous works and reveal the need for new criteria.

てな感じ。

先生にはまだ見せていないので、内容や英語自体に不備がある可能性は大だけど…


あえて多くは語らず、疑問・質問に随時答えていく方向で。

×

20:45

学会で発表することになった - ミームの死骸を待ちながら

この文章、どの範囲まで理解してもらえるのだろう?

* ◎バイオな人

* ○ケミストリな人

* ○バイオインフォマな人

* △フィジクスな人

* ×コンピュタな人

* ×文系な人

と予想。

バイオインフォマな人ですが、×だった。

情報系のバイオインフォマティシャンはだめだめでつ><

だって「生物」を学んだことないもん。

さすがに最近は本をちょこちょこは読むけどね。

あぶすとらくと

23:50

駄訳ですが。

遺伝子発現量は効果的ながん診断及び(病気の)状態分類の進展への助けとなることが大いに期待されている。

以前の研究では二つの手法、GASVMとそれを拡張したNew-GASVMが紹介されている。これらの手法はベンチマークのデータセットに対し、非常に高い分類精度を示す。

しかし、これらのアルゴリズムは一つの基準(あ、ここcriterionかな)しか用いていない。それはSVMの分類精度である。

そこで、遺伝子発現量データの分布に着目した。

新しい手法として、遺伝子発現量に対しSOMを用いたものを提案する。

それは従来手法の基準の正しさを証明するとともに、新たな基準の必要性を明らかにする。

とな。

HashHash2008/03/04 20:39遺伝子発現解析アルゴリズムの改善?
友達になってくだしあ><


↓学会用のアブストを堂々とブログで開示する奴もいるから大丈夫ですよ
http://d.hatena.ne.jp/Hash/20071130/1196433305

mishomisho2008/03/04 20:45あう……発現の部分は全くの門外漢なのです。SOMで解析できるのかぁー。

rindai87rindai872008/03/04 20:46>Hash

飯を食べたら和文も公開しようかな。
あと、敬語じゃなくてもいいよ~
というか、こっちが敬語疲れしてきただけやけどね(笑)

rindai87rindai872008/03/04 20:53>misho
実は僕も門外漢なのです。
ちょっとこの変の悲しすぎるストーリーでもエントリにしてみるか。

同情するならバイオインフォマティクスの知識をくれ><、みたいな。

rindai87rindai872008/03/04 20:54>wakataka_423
wwwよく分かってないことが分かったwww

なんか面白くなってきたからアブストの和訳とmishoへのコメントで書いたストーリーを後で書きませう。

wakataka_423wakataka_4232008/03/04 20:59「ロイシンジッパー型ペプチドの疎水面に」までは分かった。
自分は臨床検査医学から分子生物学の入り口までやってまつ

>rindai87
分かられてしまったwwww
SVMも初めて聞いた! もちょっと勉強せないけませんね。

HashHash2008/03/04 21:22BI熱すぎワロタ ww syou6162がついったで嫉妬している。

ちょっと後で卒研テーマを日記に上げてみるなどする。

mishomisho2008/03/05 00:40「水晶発振子マイクロバランス法」以外は分かった。
なんかもうハチロク世代の掲示板に生物情報科学とぴ作っちゃおうぜ。とけしかけてみるテスト。

rindai87rindai872008/03/05 00:45>misho
いっちゃうか~。
みんな乗ってきてくるんかよ。

暴走キャラというタグ付けはごめんでつ。

2008-03-03

yaottiyaotti2008/03/03 23:33次は4月にやるつもりなので、ぜひぜひ!
よければ幹事をw

rindai87rindai872008/03/04 01:10>yaotti
第一回に参加してない僕が幹事だとawayな雰囲気にならないかなww
まぁその辺りは流れに身を任せつつ。

今回LTができてないみたいだから、せっかくだし少人数だったら大学の施設を借りてLTすればいいんじゃない?
と提案だけはしておく。